Caractérisation génomique et phénotypique d'Acinetobacter colistiniresistens isolé des selles d'un membre sain de la communauté

Rapports scientifiques volume 13, Numéro d'article : 12596 (2023) Citer cet article

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Les espèces d’Acinetobacter sont des agents pathogènes opportunistes largement connus, provoquant de graves infections communautaires et nosocomiales. L’un de ces pathogènes émergents, Acinetobacter colistiniresistens, est connu pour présenter une résistance intrinsèque à la colistine. Nous avons étudié les caractéristiques moléculaires de la souche C-214 d'A. colistiniresistens, isolée de l'échantillon fécal d'un membre de la communauté en bonne santé, dans le cadre d'une étude de cohorte menée à Segamat, en Malaisie. La comparaison de la séquence génomique entière de C-214 avec d'autres séquences d'A. colistiniresistens extraites de la base de données NCBI a montré une identité de séquence de 95 % ou plus avec de nombreuses séquences génomiques représentant cette espèce. L'utilisation du test de destruction de Galleria mellonella a montré que le C-214 était pathogène dans ce système d'infection modèle. La souche C-214 avait une CMI de colistine et de polymyxine B de 32 et 16 mg/L, respectivement. En outre, il était résistant au céfotaxime, à l’amikacine et à la tétracycline et présentait une capacité modérée de production de biofilm. Différents gènes associés à la virulence ou à la résistance aux grandes classes d'antibiotiques ont été détectés. Nous avons observé des mutations dans lpxA/C/D chez C-214 et d'autres souches d'A. colistiniresistens comme causes probables de la résistance à la colistine, mais les effets biologiques de ces mutations nécessitent des recherches plus approfondies. Cette étude fournit des informations génomiques sur A. colistiniresistens, une bactérie potentiellement pathogène isolée d'un membre de la communauté et note la menace pour la santé publique qu'elle peut poser.

Le développement de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries s’est considérablement accru au fil du temps et constitue un risque important pour la santé publique. L’abus d’antibiotiques en médecine humaine et vétérinaire, en agriculture et en élevage de volailles contribue à l’émergence de micro-organismes résistants aux antibiotiques. En plus d'être fréquemment trouvées dans les établissements de santé, les bactéries multirésistantes sont de plus en plus identifiées dans la communauté et dans les sources environnementales environnantes1,2,3.

Parmi les bactéries résistantes aux antibiotiques, Acinetobacter spp. sont apparus comme des agents pathogènes opportunistes souvent liés aux infections nosocomiales4,5. Cependant, diverses espèces d'Acinetobacter ont été isolées à partir de différentes sources. Même si A. baumannii est sans équivoque cliniquement et épidémiologiquement l’espèce d’Acinetobacter la plus importante, d’autres espèces d’Acinetobacter ont également été associées à des infections humaines et se sont révélées résistantes aux antibiotiques et capables de se propager parmi les patients hospitalisés6,7,8. Une étude de Touchon et al.9 a révélé que le genre Acinetobacter est constitué d'isolats dont les séquences d'ADN centrales sont étonnamment variables et ils ont identifié un clade contenant des membres ayant une activité protéolytique ou hémolytique. Sept de ces membres ont été désignés comme espèces et six autres comme espèces génomiques, dont une nommée 13BJ/14TU9. Nemec et al.10 ont étudié le statut taxonomique de 40 isolats d'Acinetobacter et ont nommé cinq espèces supplémentaires. En 2017, Nemec et al.11 ont étudié l’espèce génomique 13BJ/14TU et ont trouvé 24 souches présentant des séquences rpoB/gyrB caractéristiques. Ces séquences avaient toutes été isolées de patients et présentaient des niveaux élevés de résistance à la colistine (polymyxine E) qui ne sont observés chez aucune autre espèce du clade hémolytique/protéolytique6,12. En raison de la résistance intrinsèque à la colistine, Nemec et al.11 ont renommé l'isolat de séquence génomique 13BJ/14TU Acinetobacter colistiniresistens. L’assemblage du génome de l’isolat 13BJ/14TU est disponible sous le numéro GCF_003227755.1.

Le genre Acinetobacter est un coccobacille à Gram négatif strictement aérobie avec des caractéristiques oxydase négative et catalase positive11. Jusqu’à présent, l’espèce A. colistiniresistens n’a été isolée qu’à partir d’échantillons cliniques, notamment d’expectorations5, de peau, de sang13, de vagin, d’œil, d’écouvillon de plaie, de cathéter, de conjonctive et de liquide céphalo-rachidien11. Sa présence est généralement liée à des maladies graves telles que la septicémie14,15. La souche NIPH 2036T de type A. colistiniresistens (assemblage du génome GCF_000413935.1) a été isolée avant 1990 à partir d'un cathéter en Belgique13. Il n'existe aucune preuve de caractérisation de cette espèce à partir de niches environnementales, d'animaux ou d'individus sains.